De acordo com o Inventário Florestal 2010, Embaúba possui 6,2% de cobertura vegetal, sendo que esta é distribuída da seguinte forma: 157 hectares de floresta estacional semidecidual e 361 hectares de formação arbórea/arbustiva em região de várzea. Portanto, o total de cobertura vegetal da cidade soma 518 hectares. Desse total, cerca de 188 hectares são de Mata Atlântica. 

O bioma Mata Atlântica é um dos mais ricos em biodiversidade. No território brasileiro abrange cerca de 15% de área distribuída em 17 estados. Segundo o Ministério do Meio Ambiente, no Bioma existem aproximadamente 20 mil espécies vegetais, e abriga aproximadamente 849 espécies de aves, 370 de anfíbios, 200 de répteis, 270 de mamíferos e cerca de 350 espécies de peixes. Muitos desses animais correm o risco de extinção, como por exemplo: mico-leão-dourado, tamanduá bandeira, bugio, veado, gambá, tatu-canastra, arara-azul pequena, lontra, quati, anta, onça pintada, jaguatirica, entre outros.

Segundo dados da SOS Mata Atlântica, no Município de Embaúba não foi identificado desmatamento acima de 3 hectares no período de 2000 a 2016.